สำหรับสิ่งมีชีวิตในน้ำส่วนมากจะขับถ่ายของเสียที่มีไนโตรเจนเป็น องค์ประกอบหลัก
ออกมาในรูปของ Ammonia (แอมโมเนีย) ซึ่งเป็นสารประกอบที่ละลายในน้ำและสามารถ
แพร่กระจายไปได้อย่างรวดเร็วต่างกับสัตว์บกที่จะขับถ่ายออกมาในรูปอื่นที่มีความ
สามารถในการแพร่กระจายได้ต่ำกว่า ประกอบกับ Ammonia เป็นสารประกอบที่เป็นพิษต่อสิ่งมีชีวิต
ถ้ามีปริมาณที่มากเกินไป (เกินกว่า 0.02 mg / ลิตร) จึงทำให้ Ammonia เป็นสารประกอบที่ค่อนข้างเป็น
อันตรายเลยทีเดียว
แต่เนื่องจากในตู้เรามีการเซตน้ำและมีแบคทีเรียสำหรับกำจัดของเสียเหล่านี้แล้ว
ทำให้
เกิดการเปลี่ยนแปลง Ammonia ( NH3 ) ไปเป็น Nitrite ( NO2 ) โดยแบคทีเรีย
( Nitrifying bacteria ) ซึ่งสารประกอบ Nitrite นี้ก็เป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตเช่นกัน
แต่เนื่องจากเราสามารถวัดค่าของ Nitrite ได้ง่ายกว่า Ammonia จึงนิยมวัดปริมาณ
Nitrite แทนเพื่อเป็นดัชนีบ่งชี้ถึงปริมาณของเสียและคุณภาพของน้ำในตู้ของเรามากกว่า
จาก Nitrite ก็จะถูก Nitrifying bacteria เปลี่ยนไปเป็น
Nitrate ( NO3 ) ซึ่งเป็นสารประกอบ
ที่ไม่มีพิษต่อสิ่งมีชีวิตแต่ก็มีผลในด้านลบต่อปะการังและมีประโยชน์ต่อการดำรงชีวิตของสาหร่าย
หรือพืช
โดยจะเปลี่ยน กลับไปเป็น โปรตีนในพืชแทน สำหรับ Nitrate อีกส่วนก็จะถูกเปลี่ยนโดย Bacteria
ที่ไม่ใช้อ๊อกซิเจน ซึ่งอาศัยอยู่ในทรายชั้นลึกๆที่มีอ๊อกซิเจนในปริมาณต่ำ ให้กลายเป็นก๊าซ
ไนโตรเจน (N2) เพื่อออกสู่นอกระบบตู้ปลาทะเลของเรา เป็นกระบวนการสุดท้ายในการกำจัด
ของเสียของวงจรไนโตรเจนในตู้ของเรา
จากวงจรไนโตรเจนดังกล่าว จะเห็นได้ว่าการปูทรายหนาๆนั้นมีประโยชน์สำหรับเป็นที่อาศัย
ของแบคทีเรียที่มีประโยชน์ในการเปลี่ยน Nitrate ให้กลายเป็น ก๊าซไนโตรเจนออกนอกระบบ
ซึ่งอาจจะเกิดความไม่สวยงามและเป็นที่หมักหมมสิ่งสกปรกบ้างในพื้นทราย และอาจเห็นก๊าซไนโตรเจน
ที่ถูกกำจัดออกเป็นฟองอากาศใต้พื้นทรายและลอยออกไปที่ผิวน้ำ ซึ่งยิ่งทรายละเอียดเท่าไหร่ก็จะเพิ่มพื้นที่
ผิวสำหรับให้แบคทีเรียยึดเกาะได้ดีเท่านั้น แต่อาจเกิดปัญหาการฟุ้งกระจายในตู้ได้
ทำให้
น้ำขุ่น ซึ่งผู้เลี้ยงก็ต้องปรับเอาตามความต้องการและวัตถุประสงค์
